本作应与血之轮回一样分为六个主关卡来讲述主线剧情，而每个关卡中都隐藏有可以前往分支关卡的密道，只有找到密道的入口才能前往分支关卡。每个分支关卡也都有各自的BOSS把关，但实力一般要比普通的BOSS强上很多。
通过不断探索和发现隐藏的关卡，玩家可以逐渐开启许多隐藏要素，如在游戏中使用少女时代的年轻版玛莉亚等。另外，虽然游戏采用的是线性发展的结构，但玩家也可以自己选择关卡进行游戏，增加了反复挑战的乐趣。
恶魔城 X 编年史还是恶魔城系列第一款以3D表现的2D横版动作游戏，本作还新增加了中途中断系统，无论是何时何地玩家都可以中段或继续游戏，而且该系统同样也
